ATOL stelt vijf speerpunten voorop die als een rode draad doorheen haar werking lopen: empowerment, gender, lerende organisatie, sociale economie en informatie voor ontwikkeling. Binnen dit geheel is empowerment het overkoepelende thema. Gender komt aan bod in elk onderdeel van empowerment. De drie andere speerpunten werken één concreet onderdeel van empowerment verder uit.

Voor het uitwerken en verspreiden van haar kennis en ervaring rond elkeen van bovenstaande speerpunten, richt ATOL zich niet rechtstreeks tot (de leden van) organisaties aan de basis. ATOL doet daarentegen aan tweedelijnsondersteuning. Dit betekent dat ze zich richt op ondersteunende organisaties en hun netwerken. Deze organisaties en netwerken zorgen er op hun beurt voor dat de principes van empowerment, gender, lerende organisatie, sociale economie en/of informatie voor ontwikkeling ook worden toegepast in basisorganisaties, zoals familiale bedrijven, coöperatieven, kleinhandelaars, et cetera, en door de leden van deze organisaties. Hierbij mag niet uit het oog verloren worden dat de manier waarop elk speerpunt concreet wordt ingevuld en de manier waarop gewerkt wordt rond een bepaald speerpunt, afhankelijk is van de context en dus verschilt van plaats tot plaats.