ATOL définit sa mission principale comme suit :

Nous contribuons à améliorer le travail des structures d'appui, tant au niveau de son efficacité que de sa durabilité. Cette contribution vise essentiellement le Sud. Nous luttons contre la pauvreté et les inégalités via l’empowerment d’organisations de base, dans le but de voir naître une communauté plus équitable.

Concrètement, qu’est-ce que cela implique ? ATOL est une ONG de coopération au développement. Notre tâche principale est de collaborer avec des organisations du Sud pour parvenir à un changement. Ce changement doit être opéré dans les pays du Sud et du Nord, mais aussi au niveau des relations internationales entre Nord et Sud. Pour parvenir à « améliorer le travail des services d’aide » et donc à un changement, ATOL fournit une aide de deuxième ligne dans le Sud. Dans ses activités, ATOL ne vise donc pas directement le groupe-cible des associations et individus qui vivent dans le Sud, mais bien les réseaux ou les groupes d’organisations de développement (coopératives, ONG, etc). Ces dernières appliquent ensuite le savoir et l’expérience acquis à leurs groupes-cibles. Puis c’est au tour de ces groupes d'appliquer ce savoir et cette expérience. Dans le Nord, ATOL travaille à la mise en place de services d’information interactifs dans ses domaines de spécialisation. En outre, ATOL facilite l’échange d’informations relatives à l’économie sociale entre les différentes ONG, et communique les résultats au Sud.

Le travail d’ATOL doit aussi être effectif et durable. Il doit donc donner des résultats à long terme. C’est pourquoi ATOL met l’accent sur l’empowerment et aide à développer et appliquer de nouvelles méthodologies. Celles-ci servent à améliorer des aspects précis dans le fonctionnement des organisations concernées. ATOL développe ces méthodologies en collaboration avec des organisations du Sud (travail en deuxième ligne) et cherche, avec ces dernières, des manières d’implémenter ces méthodologies. ATOL n’est pas directement représentée dans le Sud : ni par l’intermédiaire de membres de son personnel, ni par l’intermédiaire d’un encadrement financier ou institutionnel.

ATOL travaille dans 5 domaines : l’empowerment, l’information pour le développement, le genre, l’organisation apprenante et l’économie sociale. Le choix de ces terrains d’action a été d’une part déterminé par le contexte historique ; d’autre part par les domaines d’intérêt du secteur, par l’expérience et le savoir d’ATOL, par le lien entre le terrain et le Sud et l’importance des terrains d’action pour un développement durable et qualitatif.