Nous pouvons structurer le fonctionnement d’ATOL en trois gros chapitres. Premièrement, la médiation d'informations. Il s’agit de la mise à disposition de documents physiques et digitaux relatifs aux domaines dans lesquels ATOL est active. Cette information est complétée par les leçons que nos collaborateurs tirent de leurs propres expériences. Deuxièmement, ATOL développe des méthodologies par le biais de recherches action pour aider les organisations de développement. Une telle recherche action a toujours lieu en collaboration avec les organisations de développement. Sans cette étroite collaboration, nous ne pourrions pas mettre au point de méthodologies applicables dans la pratique. La recherch action est basée sur les 6 phases décrites par Boisot dans sa théorie relative à l’« information space ». Enfin, ATOL effectue aussi des missions de consultance pour les organisations et à leur demande. Concrètement, il s’agit d’évaluations, d’identifications, d’encadrement, de formations spécifiques et de missions de facilitation.